Die radikal-völkische Münchner Burschenschaft Danubia taucht im Rechtsextremismus-Kapitel des Berichts des bayerischen Landesamtes für Verfassungsschutz für das Jahr 2007 erstmals nicht mehr auf. Damit reagiert das bayerische Innenministerium unter Innenminister Joachim Herrmann offensichtlich wie von der Danubia und ihrer ultrarechten Unterstützergruppe „Initiative Akademische Freiheit“ um den Putzbrunner CSU-Politiker Hans Merkel gewünscht.
Noch im Juli 2007 hatte es Herrmanns Amtsvorgänger, Günther Beckstein, strikt abgelehnt, die Danubia aus dem Bericht herauszunehmen. Und über eine von Sascha Jung für die Danubia Ende 2007 beim Verwaltungsgericht in München eingereichte Klage gegen die jährliche Erwähnung im Verfassungsschutzbericht ist noch gar nicht entschieden worden.
Im Jahresbericht des bayerischen Verfassungsschutzes für das Jahr 2001 war nach Jahren ultrarechter Umtriebe der Aktivitas der Bogenhausener Danubia erstmals ein eigenes Kapitel gewidmet worden. Unter anderem wurden darin Vortragseinladungen der Danubia an die bekannten neonazistischen Aktivisten Horst Mahler, Rheinhold Oberlercher, Alain de Benoist und den Nürnberger Rechtsterroristen Peter Kienesberger („Buchdienst Südtirol“) aufgezählt, aber auch erwähnt, dass dem Haupttäter des neonazistischen Mordversuchs vor der Gaststätte „Burg Trausnitz“ im Januar 2001 auf der Flucht vor der Polizei bei der Danubia eine Übernachtungsmöglichkeit verschafft wurde. Am 12. Januar 2001 hatten der Münchner Neonaziaktivist und spätere Rechtsterrorist Martin Wiese und der Danubia-Burschenschafter Reiner Mehr gemeinsam Geburtstag gefeiert und ca. 50 Mitglieder der Münchner und bundesdeutschen Neonaziszene um sich geschart. Mehrere von ihnen griffen einen zufällig vorbeikommenden Passanten griechischer Staatsbürgerschaft an und verletzten ihn schwer. Auch ihm zu Hilfe kommende Gäste aus einem gegenüberliegenden Lokal wurden von den Neonazis brutal angegriffen.